No, no lo pierde. El poder continuar una descarga desde el punto que se quedo se le conoce con el nombre de resume y todos los clientes de BitTorrent sorportan resume. En algunos clientes BitTorrent basta con abrir de nuevo el .torrent y guardarlo en el mismo lugar donde se estaba descargando anteriormente. En otros clientes simplemente al abrir el programa ya comienza a descargar lo que teniamos pendiente.
Puede darse el caso que al continuar una descarga se pierdan algunos MB. Esto es debido a que el archivo se baja en pequeños trozos y los trozos que estaban a medias en el momento del cierre del programa se pueden perder.